Marpa naquit en 1012 dans une riche famille de propriétaires fonciers à Pesar dans le Lhodrak Chukhyer au sud du Tibet2, près du Bhoutan, une région agricole et forestière fertile. Enfant d'un naturel agressif, il est confié à l'âge de 12 ans à un enseignant bouddhiste qui le nomme Chokyi Lodro. Intelligent, il apprend rapidement à lire, écrire et tout enseignement. Il étudia ensuite avec le Lama sakyapa Drogmi, qui avait étudié le bouddhisme en Inde. Ce maître lui enseigna le sanskrit et d'autres langues indiennes au monastère de Nyugu. Après ses études, il se mit en route pour l'Inde, la source du savoir. Il traversa le haut plateau tibétain et gagna le Népal, les plaines du Teraï où il rencontra lors d'une festivité de rituels d'offrande gaṇacakra (en) Chitherpa et Paiṇḍapa, deux disciples népalais de Naropa qui lui parlèrent de celui qui allait devenir son maître principal, ce qui fut prédit par Tilopa. Après un séjour de 3 ans à Katmandou à Swayambunath, Marpa rejoint Nalanda, dont Naropa fut abbé de l'université monastique, qu'il avait quitté. Marpa trouva Naropa à Pullahari, devint son disciple principal et reçut des enseignements sur le tantra d'Hevajra et de Guhyasamāja.

Il étudia également avec d'autres maîtres indiens célèbres : Jnanagarbha et Kukkuripa (en)4, Niguma (en)2 et reçu de Maitripa la tradition des Doha et le Mahamudra. Après 12 ans d'entraînement spirituel intense, maîtrisant plusieurs langues indiennes et les enseignements les plus profonds de cette époque, il retourna au Tibet. Jaloux, son condisciple Nyo Lotsāwa Jungpo Yonten Drak qui l'avait accompagné jeta tous ses livres dans le Gange. Cela l'aide à réaliser combien cet ultime attachement bloquait sa compréhension des enseignements au-delà des mots, provoquant chez Marpa l'éveil soudain, chantant la compassion pour son mauvais compagnon.

Il regagne le Lhodrak où il se maria et accepte d'enseigner à des disciples, acquérant une réputation étendue. Ayant amassé de l'or, il repart pour un 2^e voyage en Inde quelques années plus tard. Il y reçoit des textes sanskrits qu'il traduira en tibétain, Cakrasamvara de la lignée de Maharaja Indrabhuti et le Buddhakapala de la lignée de Saraha (en). La plupart de ces textes, qui ont disparu en Inde lors des conquêtes musulmanes des Indes, nous sont parvenus grâce à leur traduction en tibétain. Au retour de son second voyage, Milarépa, qui allait devenir l'un des grands yogis du Tibet, devint son disciple.

Marpa menait une existence ordinaire avec sa femme, Dagmema, et leurs enfants, s'occupant de ses champs et d'un petit commerce, et avait de nombreux disciples5. Il enseignait notamment les six yogas de Naropa et le Mahamudra.

À plus de 50 ans, il repartit pour la 3^e fois en Inde revoir son maître Naropa à qui il avait promis de revenir recevoir ses derniers enseignements, ce qu'il put réaliser. En chemin vers l'Inde, il croisa Atisha Dīpaṃkara3. Il retrouva Naropa qui menait la vie d'un yogi errant, qui lui enseigna la transmission orale (nyengyu) de Cakrasamvara. Rentré au Tibet, il partageait son temps à traduire les écritures bouddhistes, sa famille et ses disciples5.

Marpa mourut à l'âge de quatre-vingt-quatre ans.